1. <tr id="wb9ix"><sup id="wb9ix"></sup></tr>
      <th id="wb9ix"><option id="wb9ix"></option></th><center id="wb9ix"></center>

        <center id="wb9ix"></center>
      1. <big id="wb9ix"><em id="wb9ix"></em></big>
        <tr id="wb9ix"></tr>
      2. <strike id="wb9ix"></strike>

          1. <code id="wb9ix"></code>

            <object id="wb9ix"></object>

                  1. <code id="wb9ix"></code>
                      <code id="wb9ix"><nobr id="wb9ix"></nobr></code>
                      <object id="wb9ix"></object>
                      <object id="wb9ix"><nobr id="wb9ix"></nobr></object>
                    1. <center id="wb9ix"><em id="wb9ix"></em></center>

                      <label id="wb9ix"><option id="wb9ix"><progress id="wb9ix"></progress></option></label><object id="wb9ix"></object>
                    2. <code id="wb9ix"><small id="wb9ix"></small></code>

                      加入收藏| 登錄   注冊
                      400 920 6923 ;科研合作專線:021-58820889轉116、115
                      網站公告:

                       

                      科研項目 您當前所在位置:首頁 > 關于我們 > 科研項目

                      國際Hapmap計劃與人類基因組連鎖不平衡變化及應用研究

                      1、參與HapMap計劃

                      在上海生物芯片國家工程中心和國家人類基因組南方研究中心的支持下,全世界第六套 Illumina Beadlab System于2003年10月被引進中國。南方基因科技有限公司基于這一系統為國家人類基因組南方研究中心所承擔的國際人類基因組單體型圖(HapMap)計劃,建立了大規模高效單核苷酸多態基因分型檢測平臺。在到2005年2月份為止的一年半時間里,我們出色地完成了國際HapMap項目第一階段三塊板270個個體在21號染色體的近3萬個SNP位點和在第3、8號染色體上的1萬5千多個SNP位點的基因分型工作。作為中國課題組的主要工作平臺之一,我們承擔的21號染色體SNP分型的數據質量(包括染色體覆蓋率、SNP密度、均勻分布程度等指標)在國際協作組各參與單位中位列三甲,得到國際同仁的肯定。


                      2、人群間連鎖不平衡結構的比較研究

                      公司建立了全通量SNP分析平臺,系統地開展了“中華民族單核苷酸多態性的開發應用”研究工作,完成了中國人21號染色體上的127個功能基因和3萬多個SNP的篩查和SNP單倍型分析,建成中國人群基因組 SNP及其單倍型數據庫。

                      我們選取中國五個少數民族有代表性的人群和歐洲、非洲裔美國人樣本,利用強大的SNPs分型平臺,開展了人類基因組群體間連鎖不平衡(LD)變化及應用研究。成果發表在PNAS 2006, 103(5): 1418–1421。

                      研究發現:除非洲裔群體外,其他群體的LD延伸長度無明顯差異;群體間LD的漲落變化與FST有很好的線性關系;人類在走出非洲過程中曾經經歷嚴重的瓶頸事件,是非洲以外人群具有比較高的LD水平且群體間LD共享比較高的根本原因;群體間的高LD證明了在各個人群中選擇全基因組單倍型標簽SNPs做復雜疾病的關聯研究是可行的;標簽位點在群體間具有可互換性。

                      以上工作為應用人類基因組SNP和單倍型開展疾病關聯研究奠定了堅實的理論和技術基礎。



                      多基因疾病關聯研究

                      HapMap項目完成以后,我們利用HapMap建立起來的工作基礎,承接了多項國際、國內疾病基因組重點科研項目,幫助客戶在一系列重大疾病的研究中取得了重要進展和重要成果,包括心血管疾病、腫瘤、皮膚病、精神性疾病和環境基因組學、藥物基因組學等方面。

                      1、冠心病和高血壓:我們利用SNP 單倍型數據庫,識別Tag SNP,開展了冠心病的研究。我們挑選2000多個與可能導致冠心病的候選基因相關的SNP,對患者和對照人群共近3000份樣本進行了基因分型,對數據進行的關聯分析發現了一些與疾病有關的易感位點。2009年我們與上海高血壓研究所合作開展高血壓的全基因組關聯研究。

                      2、與吸煙導致肺癌相關的遺傳因素、基因-環境互作機制:吸煙人群和長期在粉塵環境中工作的人群,肺癌的發病率高。我們以此為模型,收集患者的DNA樣本,進行基因型和單倍型的case-control關聯分析研究,研究遺傳多態與吸煙易患肺癌風險的相關性,篩選到一系列吸煙人群易發肺癌的易感基因位點,鑒定出在特定環境暴露下決定患病風險的易感基因,從分子水平研究環境化學物質與基因的互作,從而將病源學中基因-環境互作機制用于流行病學研究,確定高危人群。

                      3、精神性疾病——自閉癥和精神分裂癥:支持國內外科研機構開展精神性疾病的遺傳學研究。南方中心與美國Rutgers大學合作,利用南方公司的技術平臺,采取候選基因策略,在大樣本中開展了自閉癥關聯分析研究,以探討這類疾病的發病機理及遺傳易感性。南方中心與北京大學第六醫院合作,承擔國家863項目——《精神分裂癥全基因組關聯分析和藥物基因組學研究》,在南方公司的技術平臺上開展精神分裂癥的大樣本GWAS研究,篩查可能相關的基因和CNV。

                      4、傳染性疾?。?/strong>傳染病的個體易感性、病程發展和臨床轉歸與個體遺傳背景的關系研究對指導傳染病的臨床治療具有重要意義。多家單位利用我們的平臺開展了病源體感染后臨床轉歸的分子分型和個體化診療策略可行性研究。

                      5、銀屑病、白癜風和系統性紅斑狼瘡在中國人群的遺傳易感性研究:2008安徽醫科大學,利用南方公司所建成的研發公共服務平臺的綜合技術力量(包括DNA 測序、基因組分型和生物信息分析的力量),在過去合作的基礎上,充分汲取以往組織人類基因組研究項目的經驗和教訓,團結協調臨床、檢測和研究的力量,組織起精干的研究隊伍,基于南方公司的基因芯片檢測平臺,應用illumina Human 610K芯片,采用全基因組關聯分析手段,在大量樣本中進行了中國漢族人銀屑病、白癜風和紅斑狼瘡易感基因的搜尋和鑒定工作,探討這類疾病的發病機理和遺傳易感性。

                      銀屑病研究采用兩階段、病例-對照研究,應用全基因組關聯研究(GWAS)方法,通過中國漢族和維吾爾族銀屑病和健康對照人群大樣本量研究,確定了中國人群銀屑病的易感基因變異體。該研究發現了一個新的位于染色體1q21的LCE易感基因變異體,同時驗證了已知的兩個易感位點:MHC和IL12B。LCE基因編碼表皮終末分化角質外膜蛋白,該研究發現LEC基因變異與皮膚表皮細胞更新速度異常有關,其基因變異可以增加患病風險。這一發現對闡明疾病發病機制、疾病預警、臨床診斷及新藥開發具有重大科學價值,標志著我國銀屑病的易感基因研究達到了世界領先水平。相關成果已發表在國際權威學術雜志《自然遺傳》(Nat Genet. 2009 Feb;41(2):205-10)上。該研究是國內領先的重大疾病易感基因的GWAS 研究,標志著我國GWAS 已躋身國際先進水平,對我國重要疾病遺傳機制研究來說是一個令人鼓舞的重要開端,同時也為國內今后開展其他重大疾病易感基因的GWAS 提供了組織和實施的成功經驗。

                      同時期,我們采取相似的策略,對中國漢族紅斑狼瘡患者和健康對照樣本進行了研究,發現了一系列與漢族人群發病密切相關的易感基因和位點。系統性紅斑狼瘡是一種常見的自身免疫性疾病,好發于女性,特別是育齡期婦女,可累及全身各個系統和臟器,最終誘發腎衰竭、狼瘡性腦病和嚴重繼發感染,導致患者死亡。該病病情易反復,因其高死亡率,無治愈手段,被醫界稱為“慢性癌癥”。據估計,目前我國有紅斑狼瘡患者100多萬人。該項研究發現了9個與漢族人群紅斑狼瘡發病密切相關的新的易感位點( 包括定位了5個基因:ETS1、IKZF1、RASGRP3、SLC15A4 and TNIP1,確定了4個區域:7q11.23、10q11.22、11q23.3 and 16p11.2),同時驗證出先前在歐洲人中發現的7個易感基因在漢族人中同樣存在 ( BLK,IRF5,STAT4,TNFAIP3,TNFSF4,6q21 and 22q11.21)。通過與先前歐洲人群GWAS結果的比較分析,本研究證明了紅斑狼瘡發病機制中的遺傳危險因素在不同人種間具有相同和不同的易感基因;同時,該項研究是當時世界上紅斑狼瘡全基因組關聯分析研究中樣本量極大的研究項目,研究成果對紅斑狼瘡的預警、臨床診斷及新藥開發具有重大意義。這一成果發表在國際學術期刊《自然遺傳》(Nat Genet. 2009 Nov.;41(11):1234-1238)。

                      6、2009-2010年,與山東皮膚病性病防治研究所合作開展了麻風病的全基因組關聯研究和家系連鎖分析,取得的轟動性發現發表在國際頂級醫學雜志《新英格蘭醫學雜志》(NEJM. 2009 Dec; 361:2609-2618.)上。麻風病是由麻風分枝桿菌感染易感個體后侵犯皮膚和外周神經而導致的以畸殘與毀形為特征的慢性傳染病,全球每年仍有二十余萬新發病例。麻風病對人類健康和社會構成的危害仍舊存在,是需重點防治的一類疾病。流行病學研究、雙生子研究及HLA表型的研究均提示麻風病具有遺傳易感性,麻風病易感個體的易感基因在感染麻風菌后是否發病以及發病后的臨床表型發揮至關重要的作用。該研究利用南方公司的技術平臺,在國際上對706例 麻風病例和1250例正常對照進行全基因組關聯分析。結果共發現了15個SNPs與麻風發病相關,鑒定了7個麻風病的易感基因,分別是HLA-DR/DQ、RIPK2、TNFSF15、LRRK2、CCDC122及C13orf31基因。除了CCDC122及C13orf31基因功能尚未明確外,剩余5個發現的麻風病的易感基因,形成一個交互作用通路。本研究從分子生物學水平闡明了麻風病的發病機制。七個易感基因在中國漢族人群及少數民族種群(苗、彝、壯等)中均得到了證實,這對在中國全國范圍內進行易感個體的篩查具有重大意義,為中國麻風病一級預防的突破提供了可能。

                      7、2010年我們正與上海內分泌研究所合作,對GD和糖尿病進行全基因組關聯研究。



                      基因表達調控研究——基因表達和甲基化檢測技術

                      1、乳腺癌、各型腸癌基因表達譜與甲基化調控基因表達及功能研究:將我們擁有的研究平臺,有機整合在一起,從基因表達、SNPs關聯、甲基化調控等多層次系統地研究疾病基因組學,是我們正在推進的發展方向,為國家863/上海市重大項目乳腺癌、腸癌的染色體重排、早期診斷和愈后分子分型等項目所采用。在影響預后的基因表達特征譜方面取得了有重要臨床價值的發現,獲得了一些具有重要意義的基因標記物,為疾病機理研究和臨床分子分型奠定了良好基礎。全基因組表達譜結合DASL技術發現重要的腸癌相關分子標志,進行腸癌預后轉歸預測,篩選出了一系列可以對預后轉歸進行很好判斷的基因。

                      2、北京動物所——小鼠模型的基因組表達差異。

                      3、不同類型肝癌樣本的基因表達差異。

                      4、腦動脈瘤。

                      5、銀屑病和汗孔角化癥。

                      6、各型狼瘡腎炎病人和狼瘡腎炎模型小鼠的基因組表達差異。

                      7、難治性類風濕關節炎病人基因表達特點。

                      8、利用基因表達和甲基化檢測技術開展科研服務,獲得了一些具有重要意義的基因標記物,為疾病機理研究和臨床分子分型奠定了良好基礎。



                      課題項目所獲各類基金資助

                      近幾年,公司所申請獲得各類基金資助的項目有:

                      • 上海市浦江人才計劃課題:抗人過敏毒素C5a特異性中和抗體藥物研發;
                      • 上海市科技發展基金創新資金項目:基于CRISPLD2蛋白的膿毒血癥休克診斷與治療研發;
                      • 上海市啟明星計劃(B類)課題:大腸癌分期輔助分子標記試劑盒的研制;
                      • 納米材料介導CXCR3趨化因子多靶點基因載體的構建及在治療糖尿病周圍神經病變中的應用。

                      地址:上海市浦東新區張江高科技園區郭守敬路351號1號樓4樓

                      電話:+86-21-51320133

                                  +86-21-58816760

                                  +86-21-58820889
                      傳真:+86-21-51320131

                      ?

                      點擊這里給我發消息點擊這里給我發消息點擊這里給我發消息點擊這里給我發消息
                      山西快乐十分