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                      Illumina Omni家族芯片服務

                      更新時間:2014-07-03 11:16:57點擊次數:10354次字號:T|T
                      Omni芯片家族自2009年上市以來,已經提供了一系列靈活的芯片,它們帶來了精選自國際HapMap計劃和千人基因組計劃的常見和稀有變異。有了Omni芯片家族,研究人員能夠立即開始新一代GWAS。

                      一、Omni家族芯片產品信息

                      注:自定義位點是在芯片SNP位點基礎上,可自定義添加最大位點數,N/A表示不能添加。


                      二、芯片特點

                      1. Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片服務 推薦)___特別覆蓋中國特有的常見和稀有變異

                      1)第一款人類種群特異的全基因組芯片,經過優化的標簽SNP內容來自HapMap所有三個階段以及千人基因組計劃(1kGP),可用于在中國人種群中探索全新的疾病和性狀關聯。
                      2)特別覆蓋中國人81%的常見變異(MAF> 5%)和60%的稀有變異(MAF > 2.5%),適合全基因組關聯研究(GWAS)。
                      3)采用Illumina專利的BeadArrayTM技術,可提供非常高的數據質量,平均檢 出率> 99%,重復率> 99.9%。


                      2. HumanOmni5-Quad芯片服務

                      1)4個樣品的Omni5芯片特有超過430萬個標記物/樣品。
                      2)特有來自千人基因組計劃的新穎、常見和稀有變異。除了提供人類變異(MAF低至1%)的密集覆蓋,覆蓋了基因組中與疾病關聯的高價值區域,包括基因區域、MHC區域和非同義SNP。
                      3)特有來自千人基因組計劃的近5000個插入缺失和多堿基替換標記物,能幫助研究人員闡明結構變異如何影響性狀和疾病。
                      4)可自定義的 500K位點讓研究變得更具靈活性,可以方便更高密度靶定基因組的特定區域。


                      三、實驗原理與流程


                      四、服務內容及應用

                      1. 基本流程


                      2. 服務內容

                      1. DNA抽提;

                      2. 樣品質檢:用瓊脂糖凝膠電泳Thermo NanoDrop2000分光光度計對樣品DNA進行質量檢測和定量;

                      3. 實驗過程: a)擴增、片段化、雜交; b)洗脫、標記、染色;

                      4. 圖像掃描:用Illumina iScan激光共聚焦掃描儀對雜交反應后的芯片進行掃描;

                      5. 數據處理:確定檢出的SNP位點相應的核苷酸。


                      3. 發現CNV


                      五、數據分析

                      1. SNP位點過濾:

                      1) No call rate>=10%
                      2)最小等位基因頻率,Minor allele frequency>0.01 or 0.05
                      3)不符合哈維平衡的位點,HWE P value<0.001 的位點

                      2. 頻數統計:

                      計算case/control 組中各等位基因和基因型的頻率

                      3. 關聯分析:

                      1)樣品群的分層分析
                      2)卡方檢驗、Fisher精確檢驗,比較各allele的頻率分布在case和control兩組中是否具有統計學差異
                      3)卡方檢驗、Fisher精確檢驗和Cochran-Armitage趨勢檢驗,比較各基因型頻率分布在兩組中是否具有統計學差異

                      4. 單倍型分析:

                      1)選取包含顯著的SNP的區段進行單倍型分析,以進一步定位候選區段
                      2)頻率較高的幾種單倍型各自的頻率,在case/control兩組中的分布狀況,卡方統計量及p值,判斷單倍型與疾病相關性


                      六、結果報告

                      1. 實驗數據:原始數據(idat文件),基因芯片數據總表,SNP位點信息。

                      2. 實驗文件:SNP芯片實驗操作方法。

                      3. 實驗圖像:SNP芯片掃描圖(jpg或tiff格式),所有樣品的質檢電泳圖。

                      4. 質檢文件:DNA質檢報告,SNP Call rate。


                      應用案例一:GWAS研究發現東亞人群高血壓易感基因

                      Meta-analysis of genome-wide association studies identifies common variants associated with blood pressure variation in east Asians. Nat Genet. 2011 Jun;43(6):531-8. Epub 2011 May 15.


                      來自日本全球健康與醫學研究中心,國家人類基因組南方研究中心,上海交通大學,清華大學,美國杜蘭大學等6個國家研究人員組成的研究小組通過基因組分析,發現了多個東亞地區人群高血壓易感基因,研究證明東亞地區人群基因組存在特異性,這對于防治預防高血壓等相關的疾病具有重要意義。這一研究成果公布在2011年6月的Nature Genetics雜志上。
                      詳見:GWAS研究發現東亞人群高血壓易感基因


                      應用案例二:Illunima SNP芯片發現漢族人群紅斑狼瘡易感基因

                      Genome-wide association study in a Chinese Han population identifies nine new susceptibility loci for systemic lupus erythematosus. Nature Genetics. 2009, 41(11):1234-7.


                      安徽醫科大學第一附屬醫院張學軍教授領銜的研究團隊通過對12000多例中國漢族紅斑狼瘡患者和健康對照樣本進行研究,發現了5個與漢族人群發病密切相關的易感基因ETS1、 IKZF1、 RASGRP3、 SLC15A4和TNIP1,并確定了4個新的易感位點;研究同時驗證了在歐洲人中發現的7個易感基因在漢族人中同樣存在。
                      詳見:Illunima SNP芯片發現漢族人群紅斑狼瘡易感基因


                      應用案例三:Illunima SNP芯片發現銀屑病發病相關基因LCE

                      Psoriasis genome-wide association study identifies susceptibility variants within LCE gene cluster at 1q21. Nat Genet. 2009. 41(2):205-10.


                      安徽醫科大學,國家人類基因組南方研究中心,生物芯片上海國家工程中心等處的研究人員利用Illumina BeadArray全基因組關聯分析技術平臺采用了人類全基因組關聯分析研究(GWAS)方法,通過15000例中國漢族和維吾爾族銀屑病和健康對照人群大樣本量研究,發現了與銀屑病發病機制密切相關的LCE基因變異。LCE基因編碼表皮終末分化角質外膜蛋白,其基因變異可以增加患病風險。
                      詳見:Illunima SNP芯片發現銀屑病發病相關基因LCE


                      應用案例四: GWAS發現格雷夫斯氏病兩個新易感基因位點

                      A genome-wide association study identifies two new risk loci for Graves' disease . Nature Genetics. 2011, 43(9):897-901.


                      上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院,國家人類基因組南方研究中心,徐州醫學院附屬醫院等十幾家醫療機構的研究人員對3052名受試者進行了全基因組關聯分析,發現了兩個新的基因位點,一個是位于染色體上的6q27區域內的RNASET2,另一個是4p14區域內的GDCG4p14基因。這項新研究不僅找到了與甲亢發病相關的兩處新的染色體變異區域,首次揭示了致病基因差異是導致甲亢藥物治療效果因人而異的原因,初步解開了甲亢 發病機制的謎團。并為甲亢治療方法的竄則和預后的評估提供了重要的生物標志。
                      詳見:GWAS發現格雷夫斯氏病兩個新易感基因位點



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