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                      全基因組重測序

                      更新時間:2014-06-27 10:44:29點擊次數:8906次字號:T|T
                      全基因組重測序是對已有參考序列(Reference Sequence)的物種的不同個體進行基因組測序,并以此為基礎進行個體或群體水平的差異性分析。通過全基因組重測序,研究者可以找到大量的單核苷酸多態性位點(SNP)、拷貝數變異(Copy Number Variation,CNV)、插入缺失(InDel,Insertion/Deletion)、結構變異(Structure Variation,SV)等變異位點。這在人類疾病及動植物育種研究等方面具有重大的指導意義。

                      南方基因可以幫助您利用Illumina HiSeq2500系統進行全基因組重測序,并通過生物信息學的手段,分析不同個體基因組間的差異, 同時完成注釋,從而幫助您在全基因組水平上掃描并檢測特定人群的重要遺傳性狀相關位點。

                      測序深度(Sequencing Depth):測序得到的堿基總量(bp)與基因組大?。℅enome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。重測序的個體,如果采用的是Paired-End或Mate-Pair方案,當測序深度在10~15X以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。


                      測序深度對基因組覆蓋度和測序錯誤率的影響(HOM:純合體 HET:雜合體)


                      服務相關—樣品要求

                      1) 樣品純度:OD 260/280值應在1.8~2.0 之間;RNA 應該去除干凈。
                      2) 樣品濃度:最低濃度不低于50ng/?l。
                      3) 樣品總量:每個樣品總量不少于15?g。
                      4) 樣品溶劑:要溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
                      5) 樣品運輸: DNA低溫運輸(-20℃);且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好,以防出現污染。


                      服務相關—生物信息分析內容
                      1.數據量產出
                      總堿基數量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads統計,測序深度分析。

                      2.一致性序列組裝
                      與參考基因組序列(Reference genome sequence)的比對分析,利用貝葉斯統計模型檢測出每個堿基位點的最大可能性基因型,并組裝出該個體基因組的一致序列。

                      3.SNP檢測及在基因組中的分布
                      提取全基因組中所有多態性位點,結合質量值、測序深度、重復性等因素作進一步的過濾篩選,最終得到可信度高的SNP數據集。并根據參考基因組序列對檢測到的變異進行注釋。

                      4.InDel檢測及在基因組的分布
                      在進行mapping的過程中,進行容Gap的比對并檢測可信的Short InDel。在檢測過程中,Gap的長度為1~5個堿基。

                      5.Structure Variation檢測及在基因組中的分布
                      目前SBC能夠檢測到的結構變異類型主要有:插入、缺失、復制、倒位、易位等。根據測序個體序列與參考基因組序列比對分析結果,檢測全基因組水平的結構變異并對檢測到的變異進進行注釋。


                      全基因組重測序生物信息學分析流程



                      案例研究
                      全基因組重測序案例研究


                      參考文獻
                      1. Erin D. Pleasance, Philip J. Stephens, Sarah O’Meara et al.. A small-cell lung cancer genome with complex signatures of tobacco exposure. Nature, 2010, 463:184-190.

                      2. Michael James Clark, Nils Homer, Brian D. O’Connor et al.. U87MG Decoded: The Genomic Sequence of a Cytogenetically Aberrant Human Cancer Cell Line. PLoS Genetics, 2010, 6(1): e1000832.

                      3. Rossa W.K. Chiu, Hao Sun, Ranjit Akolekar et al.. Maternal Plasma DNA Analysis with Massively Parallel Sequencing by Ligation for Noninvasive Prenatal Diagnosis of Trisomy 21. Clinical Chemistry, 2010, 56(3): 459–463.

                      4. Stephan C. Schuster, Webb Miller, Aakrosh Ratan et al.. Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa. Nature, 2010, 463: 943-947.

                      5. Wei Chen, Reinhard Ullmann, Claudia Langnick et al.. Breakpoint analysis of balanced chromosome rearrangements by next-generation paired-end sequencing. European Journal of Human Genetics, 2010, 18: 539-543.

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